svg
SVGはベクター図を記述するための言語です。
W3Cが取りまとめているので、特定の企業が権利を主張しはじめたりするような心配がなく、安心して利用できます。
XML形式なので、座標の計算さえできれば、テキストエディタでもさくさく作図できると思います。
単一のSVGファイルとして扱うほか、htmlやxhtmlファイル等の内部に記述することができます。 最近のWebブラウザはちゃんと解釈して図として表示してくれます。
また、githubでは、svgファイルのプレビュー表示機能や、図の差分を表示する機能があったりするようです。 gistでは、markdown に埋め込まれたsvgでは、title、description、text のみの表示となるようです。
ここではmarkdown形式ファイル内にsvgを直接記述しており、Text::Markdown(Debian wheezyのlibtext-markdown-perlパッケージ)を使用して(x)htmlに変換しています。